Выпаять сначала в одном плече транзисторы ПН, запустить и замерить потребление, затем повторить эту же процедуру при втором впаянном плече, и выпаянном первом. Обе обмотки как правило одновременно не замыкают. Ну и усилитель от ПНа должен быть при этом отключен. Если напряжение вторички в обоих случаях не отличается, и потребление одинаково, то с трансформатором все норм. И возможно просто убежали параметры ШИМ.