Сигнал - то не теряется, а только задерживается. Причём и в компьютерной звуковой карте, и в процессоре, и в сабвуфере, и при прохождении от саба к микрофону.
Для проверки достаточно установить микрофон у динамика сабвуфера и поискать фазу в таком варианте. Если значение будет на 5-6 мс меньше, то так и должно быть.