Яндекс показывает самую релевантную страницу с домена второго уровня и выше, если только домен третьего уровня не в включен в Яндекс.Каталог. Если домен третьего уровня присутствует в ЯК, в выдаче могут участвовать как домен второго, так и домен третьего уровня одновременно.

По п.2, с этой недели, выдача Яндекса (алгоритм Снежинск 1.1) безобразно стала похожа на выдачу Google (алгоритм Кофеин). Поэтому сейчас возможны любые глюки глобального масштаба (поскольку делалось вся эта похожесть, наверное, в "последнюю ночь на коленке").