Тут дело даже не конкретно в формате. Если абстрагироваться от особенностей установки акустики, ШВИ и проводов - то звук с iPOD более чистый и плотный в сравнении с USB-флэшкой. Пользуюсь связкой 9884R+KCE-422i+iPOD Classic 160 и специально для сравнения пробовал слушать одни и те же файлы с разных источников (usb vs. ipod).
Единственное - поначалу навигация по поду будет казаться кошмаром - потом привыкаешь))