На мой взгляд на качество звука с CD скорее влияет "принадлежность" магнитолы к определенному производителю, например Pioneer по звуку (CD, а не MP3-магнитола) будет отличаться от звука Clarion-a. Тут скорее надо говорить о качестве и различии в воспроизведении как раз mp3-файлов отдельными моделями. Если модели одного класса (не будем брать крайности, типа alpine 9835 и какой-нибудь mp3-шник lg, здесь разница невооруженным так сказать ухом слышна) то скорее всего воспроизведение обычного cd примерно одинаково по качеству (но различно по стилю звучания, тут уж на любителя, кому рок, кому электронику).