По AUX с этого же телефона лучше? Если да - то что-то програмно тушит звук. Если нет - сам телефон такой.
Почему бы не использовать флешку всегда, если с неё звук лучше?
Суть такова, что флеш накопитель - это просто накопитель, что есть, то и отдает. Смартфон же использует ПО для связи и передачи даных, и оно может иметь собственные алгоритмы, влияющие на звук.
Как вариант - попробовать другой смартфон.
Так же попробовать подключить в режиме накопителя. Если будет лучше, то проблема явно в Android Auto. И возможно даже в кривом исполнении алгоритма его работы со стороны Alpine.