1. Вся система будет играть так, как играет ее самый худший компонент (это к вопросу о голове);

2. Если система будет играть от головы, то имхо нет смысла лезть в провода вообще;

3. Усилитель = новые провода (как минимум силовые (расчет сечения, предохранитель под капот, заведение в салон и т.д.).
И все равно система будет играть настолько, насколько это позволит ГУ;

Если поставить хорошую голову вообще не вариант, то имхо целесообразнее оставить все как есть.

По поводу раньше и сейчас:
да, есть достойные дисковые магнитолы, которые делали раньше, но есть USB-магнитолы, которые делают сейчас и которые позволяют прослушивать музыку в формате WAV и не париться с записью/сменой дисков.