Изменять частоту сэмплирования будет серьёзной ошибкой- артефакты могут получиться даже хуже, чем при перегоне в МР3.
Теорема Котельникова негодуэ- получишь полосу не шире 32000/2.
А по поводу программы мне нравится удобная и легко настраиваемая xrecode 2. Либо, хоть она и для видео в основном - но вроде и аудио может тоже - Фабрика Форматов - Format Factory.