На многих автомобилях так задумано, на время работы стартера пропадает +12в на АСС.
Надо проверить напряжение на клемме АСС в колодке питания магнитолы, если так задумал производитель автомобиля, переподключить как Вам удобнее и где найдете +12в например при положении "ключ в замке".