Обнаружил косяк в своих предыдущих измерениях.
Исходный файл с синусом 1кГц был "кривым" и уже содержал в себе чуть-чуть гармоник, которые собственно и вылезли.

Сгенерил новые файлы должным образом в 16 битном разрешении.
Вот так выглядит спектр самого по себе файла (гармоник нет и можно засечь шумовую полку в качестве референса):
Нажмите на изображение для увеличения
Название: 01 File.png
Просмотров: 0
Размер:	97.2 Кб
ID:	1356263

Далее пропускаем через цифровой тракт с СМ6631А и получаем картинки:
1. Без ресамплинга:
Нажмите на изображение для увеличения
Название: 01 16bit wo res Sams.png
Просмотров: 0
Размер:	99.5 Кб
ID:	1356265
2. Ап-самплинг 44 в 48:
Нажмите на изображение для увеличения
Название: 02 16bit 44 to 48 upsmpl Sams.png
Просмотров: 0
Размер:	98.9 Кб
ID:	1356267
3. Ап-самплинг 44 в 96:
Нажмите на изображение для увеличения
Название: 02 16bit 44 to 96 upsmpl Sams.png
Просмотров: 0
Размер:	99.2 Кб
ID:	1356269

Выводы принципиально не изменились, но ещё раз пробежимся:
1. Прогон файла через цифровой тракт без ресамплинга добавляет порядка 3дБ шумов, гармоник нет (ниже уровня шумов).
2. Ап-самплинг 44 в 48 практически ничего не меняет - добавляется 1дБ шумов. Гармоник по прежнему нет.
3. Ап-самплинг 44 в 96 добавляет 8дБ шумов (!) по сравнению с апсамплингом 44 в 48. Гармоник по прежнему нет.