ИМХО.
Пересмотри проводку. ТО генератора, посадочное место магнитолы проверь(шахту), чтоб корпус не коротил на массу, в общем дело в проводке, однозначно. Подключи магнитолу прям под капотом к АКБ, погазуй(подними обороты) и посмотри, как она себя поведет...
Собака порылась где-то в проводке...