Звук будет с большой веростноятью через юсб лучше, т.к. будет декодироваться ГУ, а не плеером.
Хотя я не в курсе, припоминаю что есть ГУ с поддержкой itunes, мож они с плеера берут инфу и сами её тоже декодируют.
Да и удобнее имхо с юсб)
Зы.Сы.: айпод - какаша! iRiver рулит.