Имеет смысл пробовать сразу для двух усилков?
Или можно по одному?

Тут ещё вот какой нюанс - как я уже написал, щелчок происходит за несколько секунд до появления звука, скорее всего в момент, когда стартует DC-DC усилителя.
При этом если от усилителя откинуть межблочные кабели, то щелчка нет.
Т.е. щелчок этот обусловлен связью вторичной и первичной земель усилителя.

Ну и ещё один факт - когда корпуса усилителей сидели на массе автомобиля, то и щелчков не было. Именно поэтому я и сомневаюсь, что отдельный минус от АКБ ничего не изменит, но я попробую.

Думаю, что для решения проблемы, скорее всего, придется лезть в RC-цепочки земель усилителя.