Всё правильно. FIR фильтр не влияет на фазу. Он вносит дополнительную задержку в сигнал. Скомпенсируй задержку заново для получения правильной ФЧХ, тогда узнаешь, насколько фильтр задержвает сигнал.

PS А ты думал, что фильтр делает свои дела мгновенно? У всего есть своя цена.

PPS На графике всё видно, задержка фильтра около 1,2 мс.